逆解析云々はまあ仕方が無いとしても、逆解析されて攻撃コード注入したのが海賊版として広まってしまうというのが怖い。
やっぱり信頼できる認証局から発行された証明書で署名されているのかどうか、チェックするとかしないとマズイんじゃないのか？
AndroidMarketの表示機能として、Trustedな証明書で署名されているアプリを、アイコンや背景色で分かりやすく目立たせるとか。

改造アプリが簡単に広まってしまい、それによりユーザーが危険に晒されてしまうとしたら、真面目にアプリを開発している側が損をしてしまい、長い目で見ればマーケットが萎んでしまう。
真面目に開発したアプリが、改造アプリや海賊版ときちんと区別できるようにならないと、開発側もユーザー側も損をするばっかりになってしまう。