詳しく調べていないので話半分に読んで下さい。

pageant.exeをスタートアップに登録して、ついでに秘密鍵も追加させたい。というわけで、こんなBATファイルを作ってみた。
load_keys_into_pageant.bat:
 C:\...\putty\pageant.exe C:\...\key1.ppk C:\...\key2.ppk

ところが、BATファイルをダブルクリックするとコマンドプロンプトが表示され、上記コマンドが終了待ちの状態で止まってしまう。コマンドプロンプトの×をクリックすればOKなのだけれど、何となくうざったい。

一旦手動でpageant.exeを起動しておき、その後上のBATを叩けばコマンドプロンプトの表示は一瞬で終わる。
pageant.exeがまだ起動していない状態で上のBATを実行した場合のみ、終了待ちでコマンドプロンプトが止まってしまうようだ。

しょうがないので、スタートアップに登録するのはpageant.exeへのショートカットリンクにしておき、上のBATはデスクトップなりクイック起動バーなりに置いておき、ログイン後最初にputtyを使う時にダブルクリックする使い方にした。