TeraTermについては、昨年(2008)末、

- ■ CPNI-957037: SSH 通信において一部データが漏えいする可能性 (JVN, 2008.11.17)
-- http://jvn.jp/niscc/CPNI-957037/
-- http://www.st.ryukoku.ac.jp/~kjm/security/memo/2008/11.html#20081117_SSH

というのが発生し、このとき「TeraTermはCTRモードに対応してないので、PuTTY使うしかない」とか騒がれたのが記憶に新しかったりする。

とはいえ、TeraTerm(正確にはTTSSH)の方も2008.12.16の TeraTerm 4.61 にてちゃんとCTRモードに対応してくれたようで、一安心です。
- 変更履歴 (Tera Term - 4.61)
-- http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/releases/36577/changelog

個人的には、PuTTYで接続先毎にキーファイル名やSSHの設定を保存できるのが好きだったりするのですが、現場ではTeraTermという場面も多い。そういった時に、一々キーファイルやSSHのバージョンをTeraTerm起動して最初に表示されるダイアログでマウスクリックして指定するのは面倒です。

TeraTermの、正確にはttermpro.exeにはコマンドラインオプションが用意されており、それをショートカットとかで指定しておけば、後は接続先ホストとパスワードを入力するだけでOKになったりして便利ですので、メモ。
（実際はTeraTermの、というよりはTTSSHのコマンドラインオプションです。）
例えば社内限定と言うことでSSHバージョン1で、鍵ファイルは全サーバ共通で、ユーザ名も共通の場合は
 ttermpro.exe
     /ssh
     /1
     /user=ログインユーザ名
     /auth=publickey
     /keyfile=秘密鍵ファイル名
     /ask4passwd
としておけば、後はホスト名とパスフレーズだけの入力になります。

TeraTermのコマンドラインオプションについては添付の日本語ヘルプにも載っていますが、TTSSHのコマンドラインオプションの方は手元の4.49には英語版ヘルプにしか載っていませんでした。アップグレードしろよという話ですが、自宅の手元のPCではPuTTYしか使ってませんので・・・。（;´Д｀）

取りあえず以上、なわけで、TeraTermユーザも4.61にアップグレードした上で、結構便利に出来るかもです、という感じです。TeraTermとPuTTYじゃ使われ方も微妙に違うような気もしますが。