先日、出向いている現場の人に教えて貰いました。

 nkf --guess

これで文字コード判定してくれる。
うわー、nkfコマンドを知ってから実に6年以上経ってるけど、初めて知りました。現場ではFreeBSD5を使っているのですが、手元のLinux環境で"nkf --help"してみたら、"Network Kanji Filter Version 2.0.8 (2007-07-20)" でちゃんと"--guess"アリです。