- web制作者のための画面遷移図作成ツールまとめ - NAVER まとめ
-- http://matome.naver.jp/odai/2131365002757638401
- 【ディレクター向け】遷移図作成サポートツール！｜まとめNEST
-- http://www.p-nest.com/hold/detail.php?seq=13

Cacoo, FreeMind, iEditあたりが有名か？

次点で、テキストからノード構造をパースして、画面遷移図っぽい画像に変換するBlockdiagというツールがあるらしい。
- 画面遷移図作成ツールBlockdiagをインストールしてみた - cynipeと読む
-- http://cynipe.hateblo.jp/entry/20110319/1300537702

また、ユーザの行動を遷移図に組み込んだ「UI Flow」という書き方もあるようです。
- 画面遷移に疑問を感じたあなたにオススメするUI Flowsというツール | Reflection | UIデザイン会社Standard Incのブログ
-- http://www.standardinc.jp/reflection/article/ui-flows/

以上、メモ書きでした。