[[1132]] で報告した、Eclipseのアップデートで出てたよくわからないエラーで Bug Report 書いた件ですが、それ以前に同様の現象がreportされてて、問題の原因も一緒で対策も終わったらしいので、duplicated & fixed として無事処理されました。

https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=397495

原因としては・・・正直良くわかってないんですが、update siteのURLの記載とかでいろいろ以前から構成が汚かったみたいで、いろいろ整理してたらしく、update siteのローディング機構にも手を入れてたみたいで、その過程でちょっと改善が必要な点が残っててそれが原因だったようです。（ホントよくわかりませんが）

とにもかくにも、Juno SR2で修正内容がリリースされるようです。

「（僕の知ってる限りでは）このエラーで何か壊れてしまうようなことは無いよ！」とのコメントも付いてますので、Juno SR2まで待たなくとも、日常の利用では特に問題ないようです。