Eclipseプロジェクトフォルダの直下に .git がある場合はちゃんとアイコンオーバーレイも表示されるしプロジェクトアイコン右クリックのチーム("Team")メニューにEGitの用意してくれたサブメニューがちゃんと表示されて利用できる。
 some_prj/
     .classpath
     .project
     .git/
     src/
     bin/
     ...
↑は問題なし。

ところが、複数Prjが.gitのある階層の下に並ぶと、EGitからインポートしてもアイコンオーバーレイ表示されないしプロジェクトアイコン右クリックしてもTeamにEGitが出てこない・・・。
 some_projects/
     .git/
     prj1/
         .classpath, .project, src/, bin/, ...
     prj2/
         .classpath, .project, src/, bin/, ...
↑これでハマった・・・。

ちょこっとだけggrksしてみたらStackOverflowとかにも何やら似たようなトラブルが載っているっぽい・・・。まぁ、特にgitのデータベースが壊れるとかそういった現象ではない。単純に、Eclipseプロジェクトフォルダより上位階層までは .git/ の存在を確認してないだけかもしれない。なので、最悪、git操作はターミナル等のCUIからおこなっても問題ない。

ちなみに、MercurialEclipseではちゃんと上位の .hg/ ディレクトリを認識してくれました。